Bên cạnh đó, tuỳ theo tính chất, mức độ vi phạm, cá nhân, tổ chức vi phạm hành chính trong lĩnh vực giáo dục có thể bị áp dụng một hoặc nhiều hình thức xử phạt bổ sung như tước quyền sử dụng quyết định cho phép thành lập, quyết định cho phép hoạt động giáo dục; tịch thu tang vật, phương tiện sử dụng để vi phạm hành chính; trục xuất...
Ngoài ra, cá nhân, tổ chức vi phạm còn có thể bị áp dụng một hoặc nhiều biện pháp khắc phục hậu quả như buộc giải thể cơ sở giáo dục hoặc chấm dứt hoạt động giáo dục; Buộc hủy bỏ kết quả các môn thi hoặc chấm lại bài thi; bảo đảm quyền của người được cấp văn bằng, chứng chỉ; thu hồi văn bằng, chứng chỉ đã cấp trái phép; buộc hoàn trả người học số tiền đã thu và chịu mọi chi phí tổ chức hoàn trả do hành vi vi phạm hành chính gây ra… Nghị định này được lấy ý kiến để ban hành nhằm tăng quyền quản lý của cơ quan chức năng song song với việc giao quyền tự chủ cho các cơ sở giáo dục.
