Thế nhưng vấn đề khó khăn nhất là tỷ lệ trẻ ở Việt Nam đi tiêm vaccine viêm gan B trong vòng 24h sau sinh đang giảm xuống rất thấp từ 64% năm 2007 xuống 25% năm 2008. Đặc biệt từ năm 2006 trở lại đây, sau khi xảy ra nhiều trường hợp phản ứng nặng (có cả tử vong) sau tiêm vaccine. Năm 2009, tỷ lệ này tăng lên được 40% nhưng trong 5 tháng đầu năm 2011 lại xuống còn 20%.
PGS.TS Nguyễn Trần Hiển, Chủ nhiệm Chương trình tiêm chủng mở rộng Quốc gia cho biết, nếu mẹ có virus viêm gan B thì 90% trẻ sinh ra sẽ bị lây. Và nếu tỷ lệ tiêm vaccine viêm gan B ở nước ta cứ thấp như hiện nay thì ước tính hàng năm cả nước sẽ có khoảng 55.000 trẻ sinh ra mang virus viêm gan B mãn tính, 1/3 số này sẽ bị xơ gan và ung thư gan sau đó.
