Trước nhiều ý kiến phản ánh việc thu lệ phí với công dân lần đầu làm CMND điện tử là trái với chỉ thị của Thủ tướng Chính phủ trước đó, Bộ Tài chính đã có văn bản lý giải cụ thể vấn đề này. Theo Bộ Tài chính, ngày 1-11-2007 Thủ tướng Chính phủ đã có Chỉ thị số 24/2007/CT-TTg quy định miễn lệ phí cấp CMND khi cấp mới. Tuy nhiên, dự án sản xuất, cấp và quản lý CMND theo công nghệ mới đòi hỏi nguồn vốn khá lớn. Vì vậy để có kinh phí sản xuất, cấp và quản lý, Bộ Công an và Bộ Tài chính đã thống nhất báo cáo và đề nghị Thủ tướng Chính phủ cho phép thu lệ phí áp dụng đối với các trường hợp cấp mới, cấp đổi và cấp lại. Đồng thời, đề nghị miễn, giảm thu lệ phí đối với một số đối tượng.
Trên cơ sở đề nghị của Bộ Công an và Bộ Tài chính, Chính phủ đã đồng ý về nguyên tắc việc thu lệ phí CMND theo công nghệ mới. Thực hiện Công văn số 4473/VPCP-KHTT ngày 4-7-2011 của Văn phòng Chính phủ về việc thông báo ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, Bộ Tài chính đã phối hợp với Bộ Công an để dự thảo Thông tư hướng dẫn thu lệ phí cấp CMND theo công nghệ mới. Dự thảo Thông tư đã được gửi xin ý kiến của các bộ, ngành, địa phương. Các ý kiến tham gia đều cơ bản nhất trí, một số ý kiến về mức thu, về đối tượng miễn, giảm đã được nghiên cứu tiếp thu để hoàn thiện dự thảo Thông tư. Đây là cơ sở để ra đời Thông tư số 155/2012/TT-BTC ngày 20-9-2012 hướng dẫn chế độ thu, nộp, sử dụng và quản lý lệ phí CMND theo công nghệ mới.
