Mục tiêu của Chương trình nhằm kiểm soát phát triển hệ thống đô thị toàn quốc theo phân loại, từng bước hoàn chỉnh mạng lưới đô thị Quốc gia phù hợp với giai đoạn phát triển của đất nước. Hệ thống đô thị sẽ phát triển theo 2 giai đoạn, đến năm 2015 tỷ lệ đô thị hóa cả nước đạt 38% với 870 đô thị và năm 2020 đạt 45% với 940 đô thị. Một mục tiêu không kém phần quan trọng đó là nâng cao chất lượng đô thị, tăng cường sức cạnh tranh đô thị trong khu vực và quốc tế. Bộ Xây dựng cũng đề xuất việc xây dựng các giải pháp tạo nguồn vốn và phát huy sức mạnh cộng đồng trong phát triển đô thị Việt Nam.
