Trong văn bản, Sở VH-TT&DL Hà Nội thừa nhận, sự việc ở chùa Trăm Gian đã gây ảnh hưởng nghiêm trọng trong việc quản lý di sản cũng như tác động xấu đến xã hội. Hội đồng kỷ luật của Sở VHTT&DL Hà Nội đã quyết định phê bình kiểm điểm trách nhiệm đối với các cá nhân.
Cụ thể: Giám đốc Sở VH-TT&DL Phạm Quang Long kiểm điểm, rút kinh nghiệm, dừng xét các hình thức thi đua khen thưởng năm 2012, hình thức xử lý do UBND TP quyết định. Hình thức kiểm điểm này cũng được áp dụng cho Phó Giám đốc Sở VH-TT&DL Nguyễn Đức Hòa, Trưởng ban quản lý Di tích danh thắng Hà Nội Nguyễn Doãn Tuân, Trưởng phòng Quản lý di sản Phạm Thị Lan Anh, Trưởng ban Quản lý dự án Nguyễn Chí Giang. Mức kỷ luật khiển trách được áp dụng cho 2 cán bộ Ban quản lý Di tích danh thắng Hà Nội.
Tiếp đó, Giám đốc Sở VH-TT&DL Phạm Quang Long phải chịu trách nhiệm cá nhân của người đứng đầu vì đã để xảy ra việc vi phạm nghiêm trọng. Phó Giám đốc Nguyễn Đức Hòa cũng phải chịu trách nhiệm cá nhân vì đã để xảy ra vụ việc trên lĩnh vực mình phụ trách.
Về việc phục dựng lại nhà Tổ và gác Khánh, ngày 3-10, UBND thành phố Hà Nội đã có buổi làm việc cùng Hội đồng tư vấn và các đơn vị có liên quan. Hiện, Viện Bảo tồn di tích đề xuất phương án tu bổ phục dựng lại hai công trình kiến trúc này theo đúng mẫu trước khi hạ giải. Các cấu kiện sẽ căn cứ vào hồ sơ mà Viện Bảo tồn còn lưu giữ được từ những năm 30 của thế kỷ trước. Đối với nhà Tổ, sẽ giữ lại hệ khung gỗ đã làm, tiếp tục lắp dựng hoàn thiện, đảm bảo hài hòa với tổng thể di tích. Bậc cấp tiền đường, xử lý theo hướng sử dụng lại đá cũ bị dỡ ra hiện còn. Cũng trong ngày 3-10, Bộ VH-TT&DL có văn bản đồng ý với phương án tu bổ theo đề xuất của Hội đồng tư vấn. Đồng thời, Bộ VHTT&DL cũng đề nghị UBND TP Hà Nội nên đầu tư dứt điểm để sai phạm sớm được khắc phục.
