Tuy nhiên, trong quá trình điều tra, đến tháng 3-2016, La Quốc Dân đã chết nên CQĐT đình chỉ điều tra đối với bị can này.
Cơ quan tố tụng xác định, 2 công ty trên không đủ điều kiện để được Bộ Công Thương cấp Giấy xác nhận đủ điều kiện làm thương nhân phân phối xăng dầu, nhưng Nguyễn Thị Thảo Quyên vẫn tìm cách hợp thức chứng từ đầu vào cho Lệnh xuất kho xăng dầu mà Quyên mua của cá nhân không có hóa đơn GTGT và xuất bán hóa đơn GTGT khống đầu ra.
Đầu tháng 7-2015, Quyên thỏa thuận, nhờ La Quốc Dân làm giả 2 Giấy xác nhận giả xác nhận đủ điều kiện làm thương nhân của Bộ Công Thương cấp cho 2 công ty nêu trên.
Sau đó, Quyên chỉ đạo cấp dưới sao y chứng thực 2 loại giấy tờ giả này để cung cấp cho các khách hàng, hợp thức hóa chứng từ xăng, dầu buôn lậu, trốn thuế. Hành vi phạm tội của Quyên cùng đồng bọn bị phát hiện vào tháng 12-2015.
Ngoài ra, CQĐT xác định Nguyễn Thị Thảo Quyên còn có hành vi mua bán hóa đơn GTGT khống, nhưng đã tách ra vụ án hình sự khác để điều tra mở rộng.
