Tiền thân là Trường Huấn luyện hàng không được Bộ Quốc phòng ra quyết định thành lập năm 1959, ban đầu trường hoạt động tại Cát Bi, Hải Phòng, sau khi đất nước thống nhất, trường chuyển vào đóng quân tại thành phố Nha Trang. Đây là nơi huấn luyện, đào tạo phi công theo hàng chục loại máy bay, trong đó có nhiều thế hệ máy bay hiện đại, đáp ứng yêu cầu bảo vệ Tổ quốc và xây dựng, phát triển đất nước; đồng thời hỗ trợ, đào tạo phi công và cán bộ kỹ thuật cho hai nước bạn Lào, Campuchia.
Thực hiện Đề án “Quy hoạch trường Sĩ quan Không quân đến năm 2020 và những năm tiếp theo”, trường Sĩ quan Không quân đang hoàn thiện công tác chuẩn bị để báo cáo Bộ Giáo dục và Đào tạo thẩm định, đề nghị Thủ tướng Chính phủ thành lập trường Đại học Hàng không Lê Hồng Phong trên cơ sở của trường hiện nay.
