Một trong những quy định đáng chú ý trong Nghị định số 93/2012/NĐ-CP là việc thu hồi, tước quyền sử dụng giấy phép đối với những đơn vị kinh doanh vi phạm điều kiện kinh doanh hoặc có lượng phương tiện vi phạm cao. Cụ thể: Đơn vị sẽ bị tước giấy phép nếu không kinh doanh vận tải trong thời hạn 6 tháng, kể từ ngày được cấp giấy phép hoặc ngừng kinh doanh vận tải trong thời gian 6 tháng liên tục.
Đơn vị kinh doanh bị tước quyền sử dụng giấy phép khi vi phạm điều kiện kinh doanh gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến chất lượng dịch vụ và an toàn vận tải. Cụ thể, đơn vị kinh doanh vận tải có 5% số lượng lượt xe hoạt động trên tuyến người lái xe vi phạm hành trình, hoặc có 20% vi phạm quy định về tốc độ, hoặc 20% vi phạm đón, trả khách không đúng nơi quy định hoặc 10% vi phạm quy định về thời gian điều khiển phương tiện. Những quy định trên sẽ có hiệu lực từ ngày 25-12-2012.
