Tuy nhiên cũng còn có những băn khoăn vì dự thảo chưa nêu bật được lên cơ chế đặc thù cho Thủ đô. “Phải cho Hà Nội một đặc thù riêng thì mới gọi là Thủ đô, nếu không trong các luật hiện hành cũng có cả rồi” - đại biểu Đào Trọng Thi, Chủ nhiệm Ủy ban Văn hóa Giáo dục Thanh thiếu niên nhi đồng của Quốc hội nêu ý kiến. Nhiều đại biểu khác cũng đã chia sẻ với những khó khăn về quản lý đô thị của hà nội và đề nghị cần có cơ chế riêng cho Thủ đô.
Đại biểu Lê Văn Hoàng (Đà Nẵng) cho rằng Thủ đô là trung tâm của nhiều lĩnh vực nên nếu không có phân công, phấn cấp, phối hợp đồng bộ giữa các Bộ, ngành, TƯ và Hà Nội thì sẽ khó giải quyết. Ban hành Luật Thủ đô là cơ sở pháp lý phát triển Thủ đô và cả nước. Đồng quan điểm này, Đại biểu Trần Du Lịch, Phó trưởng đoàn Đại biểu Quốc hội TP.HCM cũng cho rằng: “chúng ta rất yêu Thủ đô, rất mong có luật Thủ đô nhưng mong là Luật phải nêu bật được cơ chế đặc thù vì đây là Thủ đô của quốc gia chứ không phải là luật dành riêng cho Hà Nội”. Song đại biểu này cũng bày tỏ băn khoăn về việc các thành phố lớn khác cũng yêu cầu có luật riêng cho địa phương của mình.
Phát biểu kết luận buổi thảo luận ở tổ của đoàn Đại biểu Quốc hội Hà Nội, Ủy viên Bộ Chính trị, Bí thư Thành ủy Hà Nội Phạm Quang Nghị, trưởng đoàn Đại biểu Hà Nội khẳng định việc ban hành Luật Thủ đô là cần thiết bởi Thủ đô là trung tâm chính trị hành chính quốc gia nên Thủ đô Hà Nội có những đặc thù riêng khác với những địa phương khác. Đại biểu Phạm Quang Nghị cũng cho rằng hầu hết các ý kiến khác biệt ban đầu về Luật Thủ đô đã được thu hẹp lại. Việc ban hành Luật Thủ đô cũng là để bổ sung, hoàn thiện hệ thống pháp luật trong khi các luật đã thông qua không đủ điều kiện cho Hà Nội phát triển. Quy định luật không những đáp ứng yêu cầu xây dựng phát triển Hà Nội mà còn đáp ứng yêu cầu của Hà Nội với tư cách đảm nhiệm các chức năng của trung tâm hành chính quốc gia.
