Sau khi thành lập, đây sẽ là tổ chức nghiên cứu khoa học chuyên sâu và toàn diện về khảo cổ học đô thị và các vấn đề lịch sử, văn hóa các di tích kinh thành cổ của Việt Nam trong lịch sử. Nhiệm vụ của trung tâm là điều tra, nghiên cứu khảo cổ học, lịch sử văn hóa gắn liền với công tác bảo quản di vật, bảo tồn di tích khảo cổ học, kết hợp nghiên cứu và đào tạo trong lĩnh vực khảo cổ học đô thị, bảo quản di vật…
Bên cạnh đó, cung cấp những luận cứ khoa học cho việc hoạch định đường lối, chiến lược quy hoạch, bảo tồn và phát huy giá trị di sản văn hóa dân tộc Việt Nam. Trung tâm nghiên cứu Kinh thành ra đời đáp ứng xu hướng phát triển của ngành khảo cổ học đô thị ở Việt Nam cùng yêu cầu nghiên cứu, đánh giá giá trị khu di tích khảo cổ học Hoàng thành Thăng Long.
