Tuy nhiên, đến nay mới có 37 trường chuyên đạt chuẩn quốc gia, trong khi đó từ 2010 -2013, theo thống kê chưa đầy đủ, tổng kinh phí đầu tư cơ sở vật chất cho các trường chuyên là gần 750 tỷ đồng, gần 160 tỷ cho thiết bị dạy học, hơn 33 tỷ dành đào tạo, bồi dưỡng cán bộ, giáo viên. Bên cạnh đó, khó khăn của các trường chuyên gặp phải hiện nay chính là thiếu đội ngũ giáo viên trình độ chuyên môn cao.
