Theo đó, lý do ĐHQG HN đưa ra là vì trước khi có kết luận chính thức ban hành, lãnh đạo ĐHQG HN đã có giải trình nói rõ là văn bản dẫn chiếu sai, cách hiểu chưa đúng... sau khi tham khảo dự thảo kết luận thanh tra từ tháng 1-2012.
Tuy nhiên, đến tháng 6-2012, các phương tiện truyền thông đã đăng tải thông tin kết luận của Thanh tra Chính phủ về một số sai phạm và đề xuất không công nhận bằng cấp liên kết đào tạo do một số đơn vị thuộc ĐHQG HN thực hiện, trong khi ĐHQG HN chưa nhận được kết luận chính thức. Theo văn bản kiến nghị của GS. Mai Trọng Nhuận, ĐHQG HN đã có văn bản giải trình về các vấn đề mà đoàn thanh tra đề cập và mong muốn có cuộc làm việc chính thức với Thanh tra Chính phủ.