Dự kiến tổng kinh phí chi toàn bộ Đề án khoảng 2.070 tỷ đồng, từ nguồn vốn ngân sách Nhà nước, cấp hằng năm theo quy định của Luật Ngân sách và trên cơ sở dự toán của Bộ GD-ĐT. Cụ thể, sẽ đào tạo khoảng 1.650 người có trình độ thạc sĩ (từ năm 2013 - 2017 tuyển sinh bình quân khoảng 330 người/năm). Ngoài ra, sẽ đào tạo trình độ đại học với số lượng khoảng 150 người (từ năm 2013-2017 tuyển sinh bình quân khoảng 30 người/năm). Chính phủ yêu cầu ưu tiên gửi cán bộ đi đào tạo tại một số nước như Anh, Canada, Hoa Kỳ, Nhật Bản, Pháp, Liên bang Nga, Hàn Quốc...
