Theo Ngân hàng Nhà nước, VAMC là doanh nghiệp đặc thù, được tổ chức dưới hình thức công ty Trách nhiệm hữu hạn một thành viên, do Nhà nước sở hữu 100% vốn điều lệ và chịu sự quản lý Nhà nước. Cơ chế xử lý nợ của VAMC là công ty sẽ phát hành trái phiếu đặc biệt để mua nợ của các tổ chức tín dụng và các tổ chức tín dụng có thể sử dụng trái phiếu này để vay tái cấp vốn tại Ngân hàng Nhà nước. Thông qua việc mua và xử lý nợ xấu, VAMC sẽ giảm áp lực trả nợ, hỗ trợ doanh nghiệp xử lý khó khăn tài chính tạm thời.
