Trước đó, Sở GTVT Hà Nội đã có báo cáo thừa nhận, sau 2 năm sử dụng, khai thác, vào các đợt mưa dài ngày và khi mực nước ngầm dâng cao, tại vị trí khe co giãn của hầm lại xảy ra hiện tượng thấm nước. Sở GTVT đã kiến nghị UBND TP chỉ đạo các đơn vị liên quan đánh giá lại hiện trạng và tìm giải pháp hợp lý về hiện tượng rò rỉ nước tại khe co giãn hầm Kim Liên. Bước đầu, chủ đầu tư và nhà thầu đã khắc phục bằng cách bơm keo vào khe co giãn và đặt ống thoát nước vào khe co giãn dưới lòng đường theo hướng Kim Liên sang Đại Cồ Việt.
