Nếu Hiến pháp năm 1992 xác định nguyên tắc quyền lực nhà nước là thống nhất, có sự phân công và phối hợp giữa các cơ quan nhà nước trong việc thực hiện các quyền lập pháp, hành pháp, tư pháp thì trong Dự thảo sửa đổi lần này bổ sung thêm cơ chế “kiểm soát” để khẳng định rõ hơn nguyên tắc của nhà nước pháp quyền, bảo đảm để các cơ quan thực thi có hiệu lực, hiệu quả chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của mình, tránh tình trạng lợi dụng, lạm dụng quyền lực.
Về quy định đối với cơ quan điều tra, hiện nay cơ quan này đang thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn theo quy định của Bộ luật Tố tụng hình sự. Cơ quan điều tra hình sự ở nước ta hiện được tổ chức thành ba cơ quan: Bộ Công an, Bộ Quốc phòng, Viện kiểm sát nhân dân tối cao. Hệ thống tổ chức cơ quan điều tra hình sự hiện nay còn cồng kềnh được tổ chức ở nhiều bộ, ngành dẫn đến những vướng mắc, bất cập làm giảm hiệu quả của hoạt động điều tra; Sự gắn kết giữa các cơ quan điều tra chưa chặt chẽ, chất lượng điều tra một số vụ án còn hạn chế… Do vậy, nên thu gom đầu mối cơ quan điều tra theo hướng chỉ tổ chức cơ quan điều tra trong Công an nhân dân, không duy trì cơ quan điều tra ở Viện kiểm sát nhân dân tối cao; lực lượng Hải quan, Kiểm lâm không tiến hành hoạt động điều tra tố tụng.
Trong Hiến pháp không nhất thiết phải quy định cơ quan điều tra là một trong những cơ quan thực hiện quyền tư pháp như Tòa án nhân dân và Viện Kiểm sát nhân dân. Nếu quy định cơ quan điều tra thành một chương riêng như Tòa án nhân dân, Viện Kiểm sát nhân dân và không thuộc Chính phủ, sẽ dẫn đến sự thoát ly cơ quan điều tra khỏi lực lượng vũ trang. Vấn đề này là không thể vì hiện nay tội phạm hoạt động ngày càng manh động, liều lĩnh, coi thường pháp luật. Nếu thoát ly khỏi lực lượng vũ trang sẽ làm giảm uy lực của cơ quan điều tra. Do vậy chỉ cần ban hành Luật Tổ chức điều tra hình sự, trong đó quy định cụ thể về mô hình tổ chức, chức năng nhiệm vụ, mối quan hệ phối hợp... của cơ quan điều tra.
