Loại tên lửa mới được cho là có thể giữ các tàu ngầm Akula ở trạng thái “lơ lửng” và kết quả là nó được triển khai trên loại tàu SSBN nhỏ hơn – tàu ngầm lớp Borey theo Dự án 955 được bắt đầu năm 1996.
Khi chương trình tàu ngầm lớp Bark kết thúc vào năm 1997 thì việc đóng chiếc tàu ngầm lớp Borey đầu tiên Yuriy Dolgorukiy cũng bị dừng lại. Năm 1998, chương trình tên lửa Bulava-30 mới được khởi động và tàu ngầm lớp Borey phải thiết kế lại cho phù hợp với loại tên lửa mới này. Quyết định này cũng làm xấu đi tình trạng của các tàu ngầm lớp Akula khi phải loại bỏ tàu Dmitry Donskoy sau được tu sửa lại để làm tàu ngầm thử nghiệm cho loại tên lửa đạn đạo mới. Mặc dù Yuriy Dolgorukiy hiện đang trải qua các thử nghiệm trên biển với Hạm đội Phương Bắc thì tương lai của chương trình tên lửa Bulava cũng bị đi vào ngõ cụt do có một số nghi vấn sau một loạt các lần bắn thử nghiệm thất bại.
Liên tiếp vào năm 2004 và 2006 có thêm hai tàu ngầm lớp Borey là Aleksandr Nevskiy và Vladimir Monomakh được hạ thủy và sẽ được biên chế vào Hạm đội Thái Bình Dương. Có vẻ như sau nhiều năm trì hoãn, thiếu kinh phí và những thất bại về thiết kế, Hải quân Nga lại đang ráo riết đưa loại tàu ngầm SSBN mới vào hoạt động sớm nhất có thể. Mặc dù có vô số những nhận định khác nhau nhưng người ta tin rằng lớp tàu ngầm mới cũng phải có từ 8 đến 10 tàu ngầm tên lửa chiến lược mặc dù những diễn biến trong tương lai có thể ảnh hưởng đến con số này.
Trái lại, cấu trúc của hạm đội tàu ngầm nguyên tử tiến công này được dự đoán là tương đối sáng sủa. Nó vẫn đóng vai trò chủ lực trong hạm đội tàu ngầm không chỉ bởi số lượng mà bởi cả khả năng tác chiến. Nhiệm vụ chính của các tàu ngầm hiện tại và tương lai lớp này là tìm và diệt tàu ngầm và tàu chiến đối phương, trong đó có cả tàu sân bay và các đội tàu sân bay cũng như các mục tiêu trên đất liền.
Quá trình hiện đại hóa sẽ tập trung vào các thiết kế có từ cuối thập niên 70 và 80 manh nha vào cuối những năm cuối cùng của Liên Xô. Việc sản xuất các tàu ngầm nguyên tử tấn công lớn thế hệ thứ ba thuộc Dự án 945 Barrakuda (NATO gọi là Sierra I) và 945A Kondor (NATO gọi là Sierra II) bị dừng lại vào năm 1993. Chiếc tàu ngầm thứ 5 thuộc lớp này buộc phải hủy bỏ khi còn dở dang; đó là chiếc Mars thuộc Dự án 945B bị tháo dỡ ngay tại xưởng đóng tàu.
Chỉ còn hai chiếc loại này gồm Pskov và Nizhny Novgorod là còn duy trì hoạt động. Những hạn chế lớn nhất của các tàu ngầm này theo đánh giá ngày nay là chi phí quá cao mà khả năng tác chiến lại bị giới hạn. Lúc đầu chúng được thiết kế để chỉ dùng cho mục đích chống tàu ngầm mặc dù phiên bản cải tiến Dự án 945A cũng được trang bị tên lửa hành trình Granat (NATO gọi là SS-N-21 Sampson) giúp nó chúng có khả năng tấn công các mục tiêu trên đất liền.
 |
Một số các tàu ngầm Shchuka thuộc Dự án 671RTM-RTMK (Victor III) hiện vẫn là một bộ phận của hạm đội này nhưng trong tương lai không xa chúng sẽ không còn được hoạt động nữa.
Sức mạnh chủ yếu của hạm đội tàu ngầm nguyên tử tấn công nằm ở các tàu ngầm thuộc Dự án 971 Shchuka B (NATO gọi là Akula) là một cải tiến nho nhỏ từ Dự án 945 (NATO gọi là Sierra). Dự án 971 bắt đầu từ giữa thập niên 70 và chiếc tàu ngầm đầu tiên được hạ thủy năm 1984. Trong dự án này có tổng số 14 tàu ngầm được hoàn thiện, chiếc cuối cùng là Nerpa đi vào hoạt động năm 2006. Nga tiếp tục đóng thêm tàu ngầm lớp Nerpa cùng với các tàu ngầm khác sau khi việc triển khai xây dựng bị đóng băng vào những năm 1990 do thiếu kinh phí.
Các tàu ngầm thuộc Dự án 971 được biết đến nhiều nhất là tàu ngầm hiện đại nhất, chạy nhanh và êm nhất của Nga và có thể só sánh được với những tàu ngầm tấn công tiên tiến nhất của Mỹ. Một “lớp cốt lõi” khác là các dự án 949 Granit và 949A Antey mà NTO lần lượt gọi là Oscar I và Oscar II. Có 13 tàu ngầm loại này đã được xuất xưởng. Tuy nhiên không có báo cáo nào về việc Nga sẽ tiếp tục đóng thêm tàu ngầm mới thuộc các lớp này.
Tương lai của hạm đội tàu ngầm tấn công của Nga được đặt vào dự án tàu ngầm tên lửa hành trình thế hệ thứ 5 Yasen, Dự án 885 (NATO gọi là Granay); chiếc thứ hai trong dự án này được hạ thủy năm 2009. Dự án 885 được kì vọng sẽ thay thế các dự án 945 và 949 hiện chỉ còn lại hai chiếc phục vụ trong lực lượng hải quân.
Số lượng tàu ngầm diesel còn khoảng 20 chiếc tập trung chủ yếu là các tàu ngầm lớp Varshvyanka thuộc dự án 877 sản xuất từ cuối những năm 80 đã được cải tiến khá nhiều. Một chiếc loại này có những cải tiến mới nhất được đưa vào sử dụng năm 2000. Công việc đóng các tàu ngầm loại này gần đây nhất được hoàn tất vào tháng 5/2005 nhưng lại cho mục đích xuất khẩu. Vào đầu năm 2005, tập đoàn đóng tàu Admiralty Shipyard ở thành phố St. Petersburg đã cho hạ thủy tàu ngầm mang tên St. Petersburg, tàu ngầm đầu tiên thuộc lớp mới Lada thuộc dự án 677, một phiên bản cho xuất khẩu thuộc lớp này, Dự án 677E (Amur-1650) cũng sẽ được sản xuất trong tương lai gần.
