Tuy nhiên hiện nay, khu di tích này đang bị xâm phạm nghiêm trọng. Vào đầu giờ chiều, trước cổng và trong sân đình bị một số người thiếu ý thức chiếm dụng làm nơi buôn bán hàng ăn, đồ uống.
Việc làm trên không những gây mất mỹ quan nơi cảnh đình mà còn gây khó khăn cho du khách mỗi khi tới lễ và thăm vãn cảnh đình. Đặc biệt, đây còn là điểm tập kết rác của những hộ dân sống xung quanh khu vực. Tình trạng trên diễn ra từ nhiều tháng nay, gây bức xúc cho du khách đến đây. Đề nghị chính quyền địa phương phối hợp các cơ quan chức năng và Ban quản lý đình Yên Xá sớm có biện pháp xử lý các vi phạm tại đây để trả lại cảnh quan và sự tôn nghiêm cho di tích này.
