Trên cơ sở kết quả thanh tra, Bộ đã lập biên bản và xử phạt vi phạm hành chính đối với 24 cơ sở, với tổng số tiền trên 6 tỷ đồng. Theo Quyết định 1788/QĐ - TTg của Thủ tướng Chính phủ, tới nay, đã có 101/435 cơ sở hoàn thành xử lý triệt để, không còn gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng (chiếm tỉ lệ 23,22%), song còn 87 cơ sở đã quá thời hạn xử lý triệt để theo yêu cầu của Thủ tướng Chính phủ.
