Các doanh nghiệp chia sẻ, so sánh với thủ tục hải quan điện tử đang áp dụng, có thể thấy ngay lợi ích của VNACCS/VCIS như thời gian hồi đáp từ cơ quan hải quan chỉ mất vài giây thay cho 5-15 phút, doanh nghiệp không phải xuất trình bản khai gốc, khi có xác nhận trên hệ thống VNACCS/VCIS luồng xanh là được thông quan hàng hóa ngay.
Tuy nhiên, doanh nghiệp còn gặp khó khăn khi mở tờ khai, sai sót khai nhầm mã phân loại hàng, mã loại hình hàng hóa, địa điểm lưu kho hàng chờ thông quan dự kiến...
