Theo quy định tại Khoản 5, Điều 35 Nghị định 29/2008/NĐ-CP, về nguyên tắc mỗi tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có một Ban Quản lý để quản lý các khu trên địa bàn (bao gồm: Khu công nghiệp, khu kinh tế). Hiện nay, tỉnh Kiên Giang đã có Ban Quản lý Khu kinh tế tỉnh Kiên Giang. Tuy nhiên, do tính đặc thù của đảo Phú Quốc nên cần thiết tổ chức 1 Ban quản lý riêng để tập trung quản lý có hiệu quả Khu kinh tế Phú Quốc.
