Cụ thể, ông Trần Ngọc Thành đã không thực hiện đầy đủ nghĩa vụ, trách nhiệm của Chủ tịch Hội đồng thành viên theo chỉ đạo của Bộ GTVT về việc “Sửa đổi, bổ sung một số điều của Điều lệ tổ chức và hoạt động của Tổng công ty Đường sắt Việt Nam” và các kết luận của Bộ trưởng.
Để công tác quản lý, điều hành Tổng công ty theo đúng quy định, Bộ GTVT yêu cầu Chủ tịch Hội đồng thành viên, Tổng giám đốc Tổng công ty Đường sắt Việt Nam phải thực hiện nghiêm chỉnh các quy định của Đảng, Nhà nước, Chính phủ, Bộ GTVT, các bộ ngành liên quan.