Trung tâm KNPB trực thuộc Cục Trồng trọt - Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn, được thành lập năm 2012. Trung tâm này có chức năng chỉ định hoạt động trong lĩnh vực chứng nhận hợp quy chất lượng phân bón. Theo CQĐT, trong thời gian dài, Trung tâm KNPB đã làm thủ tục và cấp giấy chứng nhận chất lượng cho hơn 800 sản phẩm phân bón của 78 công ty.
Quá trình thực hiện, Vũ Tuấn Linh và Phan Thị Quỳnh Hương đã không tiến hành đánh giá thực tế điều kiện sản xuất, không lấy mẫu đối với 118 sản phẩm của 30 công ty; đến 48 công ty nhưng không đánh giá quy trình về điều kiện sản xuất, không lấy mẫu hoặc lấy mẫu không đủ. Phạm Trung Hòa là người chịu trách nhiệm trong việc chứng nhận chất lượng, dù biết Linh và Hương thực hiện không đúng quy trình, quy định nhưng vẫn ký giấy chứng nhận chất lượng cho các sản phẩm phân bón.
CQĐT xác định trong số hơn 800 sản phẩm phân bón nêu trên, các bị can đã cấp giấy chứng nhận hợp quy cho 111 sản phẩm không có tên trong “Danh mục phân bón được phép sản xuất kinh doanh tại Việt Nam”. Ngoài ra, các bị can còn được các doanh nghiệp trả thêm khoảng 350 triệu đồng ngoài nội dung đã thỏa thuận trong hợp đồng. Trong đó, bị can Phạm Trung Hòa hưởng lợi 35 triệu đồng, Vũ Luấn Linh 45 triệu đồng, Phan Thị Quỳnh Hương 35 triệu đồng, số tiền còn lại được các bị can chi tiêu và sử dụng.