Đáng chú ý, về việc thành lập Hội đồng này Bộ Y tế đề xuất 2 phương án: phương án 1, Chủ tịch Hội đồng là Bộ trưởng Bộ Tài chính và Hội đồng có bộ phận thường trực giúp việc đặt tại Bộ Tài chính; phương án 2, Chủ tịch Hội đồng là Bộ trưởng Bộ Y tế và Hội đồng có bộ phận thường trực giúp việc đặt tại Bộ Y tế. Trong đó, Bộ Y tế cho rằng nếu lựa chọn phương án 1 sẽ phù hợp theo quy định của Luật Giá, đồng thời đảm bảo tính khách quan trong quản lý giá thuốc, còn nếu lựa chọn phương án 2 sẽ không đảm bảo tính khách quan do Bộ Y tế chính là đơn vị cấp phép sản xuất, lưu thông thuốc.
