Thông tư quy định rõ, mức thu phí bay qua vùng trời Việt Nam đối với chuyến bay thường lệ từ 115USD đến 520USD tùy theo trọng tải cất cánh và cự ly bay. Đối tượng chịu phí là các chuyến bay thường lệ, chuyến bay không thường lệ, chuyến bay chuyên cơ kết hợp vận chuyển thương mại.
Các chuyến bay qua vùng trời Việt Nam không vì mục đích thương mại gồm các chuyến bay chuyên cơ, chuyến bay công vụ, chuyến bay tìm kiếm cứu nạn, vận chuyển hàng viện trợ nhân đạo, cứu trợ lũ lụt, thiên tai và làm nhiệm vụ nhân đạo khác sẽ không bị thu phí.
