Thông tư có hiệu lực từ ngày 20-4-2015 gồm có 3 chương, 24 điều. Cụ thể: Chương I (gồm 3 điều, từ Điều 1 đến Điều 4): quy định về phạm vi điều chỉnh, đối tượng áp dụng, nguyên tắc giải quyết khiếu nại và áp dụng pháp luật. Chương II (gồm 18 điều, từ Điều 5 đến Điều 22): quy định cụ thể về trình tự, thủ tục, nội dung và các bước cần thực hiện mang tính nghiệp vụ trong hoạt động giải quyết khiếu nại. Chương III (gồm 2 điều, Điều 23 và Điều 24): quy định về hiệu lực thi hành và tổ chức thực hiện các quy định của Thông tư.
So với Thông tư trước đây, Thông tư mới ban hành có một số điểm mới đó là trong giai đoạn chuẩn bị giải quyết khiếu nại, Thông tư đã quy định chi tiết việc kiểm tra lại quyết định hành chính, hành vi hành chính, quyết định về chế độ chính sách, quyết định kỷ luật cán bộ, chiến sĩ nhằm hướng dẫn cụ thể một nội dung mới trong Luật Khiếu nại năm 2011 so với Luật Khiếu nại, tố cáo năm 1998.
Khi kiểm tra lại nếu thấy khiếu nại quyết định hành chính, hành vi hành chính, quyết định về chế độ chính sách, quyết định kỷ luật cán bộ, chiến sĩ là đúng thì người có thẩm quyền giải quyết khiếu nại ra quyết định giải quyết khiếu nại ngay mà không cần phải thực hiện các thủ tục khác.
Ngoài ra, nhằm khắc phục một số vướng mắc trong thực tiễn giải quyết khiếu nại thời gian qua, Thông tư đã quy định rõ các nội dung về tạm đình chỉ việc thi hành quyết định hành chính bị khiếu nại, đình chỉ việc giải quyết khiếu nại và tham khảo ý kiến, tư vấn trong giải quyết khiếu nại.
