Theo đánh giá của Cục Hàng không, đây là sự cố uy hiếp an toàn hoạt động bay nghiêm trọng, nếu không được phát hiện và xử lý kịp thời có thể dẫn đến tai nạn.
Nguyễn nhân trước khi cấp huấn lệnh cho tàu bay của JPA, kiểm soát viên đã không quan sát đường cất hạ cánh có tàu bay của VNA chưa thoát ly đường băng. Đáng chú ý, kiểm soát viên điều hành 2 tàu bay trên không có giấy phép và đang thực tập. Kíp trực đài kiểm soát tại sân bay Đà Nẵng bố trí thiếu người so với quy định.
Cục Hàng không xác định, lỗi vi phạm của Công ty Quản lý bay miền Trung trong việc để kiểm soát viên thực tập chưa có giấy phép, chưa dự kiểm tra đánh giá trình độ thông thạo tiếng Anh theo quy định, trực tiếp tham gia điều hành hoạt động bay là vi phạm Quy chế không lưu hàng không dân dụng…
Trung tâm kiểm soát tiếp cận và Đài kiểm soát tại sân bay Đà Nẵng vi phạm quy định về việc sắp xếp, bố trí kiểm soát viên cho kíp trực. Lái trưởng chuyến bay của VNA vi phạm quy định về thời gian báo cáo sự cố (theo quy định phải báo cáo trong 72 giờ kể từ khi xảy ra sự cố).
Cục Hàng không VN đã thu hồi giấy phép và chứng chỉ của kíp trưởng kíp trực Phan Nho Quang. Không làm thủ tục đề nghị và kiểm tra cấp giấy phép cho kiểm soát viên thực tập Trương Nguyễn Quỳnh Anh trong phạm vi tối thiểu 1 năm kể từ ngày xảy ra sự cố để tiếp tục huấn luyện thêm.
Ngoài ra, Cục yêu cầu Tổng công ty Quản lý bay Việt Nam đình chỉ công việc đối với Giám đốc Công ty Quản lý bay miền Trung trong vòng 15 ngày kể từ 11-7 để kiểm điểm trách nhiệm. Tổ chức kiểm điểm và xử lý trách nhiệm Phó Giám đốc phụ trách công tác không lưu và Phó Giám đốc trực ngày 27-6 của Công ty Quản lý bay miền Trung, báo cáo Cục kết quả trước ngày 15-8.
Cục Hàng không kiến nghị Bộ GTVT xem xét kỷ luật đối với cán bộ lãnh đạo Tổng công ty Quản lý bay Việt Nam liên quan đến trách nhiệm của người đứng đầu đã để xảy ra các vi phạm tại đơn vị thuộc quyền quản lý.
Trước đó, vào tối 27-6, hai máy bay của VNA và JPA đã suýt va nhau trên đường băng do người điều hành không lưu phát huấn lệnh nhầm. Trong khi máy bay của VNA chưa thoát khỏi đường băng thì đã cấp lệnh bay cho máy bay của JPA vào đường băng để chuẩn bị cất cánh. Sự việc chỉ được phát hiện bởi phi công của VNA báo cáo.
