Nguyễn Duy Hiệp là người trực tiếp thụ lý xét xử vụ án về những sai phạm liên quan đến việc thi công xây dựng đường B2B thuộc xã Thanh Nghị, huyện Thanh Liêm mà Đỗ Đức Tuân có liên quan. Nguyễn Duy Hiệp đã gợi ý ông Đỗ Minh Tý đưa số tiền 235 triệu đồng và hứa sẽ xét xử cho bị cáo Tuân hưởng án treo. Tuy nhiên, tại phiên tòa xét xử ngày 12-6-2014, Đỗ Đức Tuân đã bị tòa tuyên phạt 12 tháng tù giam. Bức xúc vì không được nhận mức án như đã thỏa thuận trước, gia đình ông Tý đã đến gặp Hiệp đòi lại tiền nhưng Hiệp chỉ trả lại 50 triệu đồng, số tiền còn lại Hiệp nói là đã chi phí để lo cho Tuân.
Sau khi nhận được đơn tố cáo của gia đình ông Tuân, ngày 30-6, Cục Điều tra đã thực hiện lệnh bắt và khám xét khẩn cấp nơi ở, nơi làm việc của Nguyễn Duy Hiệp.
Trong quá trình điều tra vụ án, xét thấy ông Tý đã tích cực phối hợp với cơ quan điều tra, lại là gia đình chính sách có hoàn cảnh khó khăn, các cơ quan chức năng đã cho gia đình ông Đỗ Minh Tý được nhận lại số tiền 180.900.000 đồng đã giao cho Nguyễn Duy Hiệp. Số tiền 4.100.000 đồng còn lại, cơ quan điều tra tiếp tục tạm giữ để xem xét, xử lý.